宏基因組測序服務

 

• 宏基因組測序

對特定環(huán)境（或者特定生境）樣品中的微生物群體基因組進行高通量測序，解讀微生物種群結構、多樣性與豐度、基因功能活性、微生物與環(huán)境，微生物與宿主相互協(xié)作關系。該方法擺脫了微生物分離純培養(yǎng)的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環(huán)境微生物群落的研究提供了有效工具。
宏基因組是基于高通量測序技術，對特定環(huán)境樣品中微生物total DNA進行檢測，經(jīng)過序列組裝和基因注釋研究，完成全基因組分析。研究內容包括微生物多樣性、群落結構、物種分類、進化關系、基因功能、相互關系和微生物與宿主、環(huán)境之間相互關系的技術。
相比擴增子測序，宏基因組分析可以深入到菌株層次進行相關檢測，發(fā)現(xiàn)近緣菌株；同時，宏基因組測序的檢測范圍不受物種種類限制，覆蓋面更為廣泛。除了微生物多樣性研究之外，宏基因組還能對微生物群落的功能進行注釋和分析，結合宏轉錄組測序更能深入研究其活性成分的功能組成。此外，從功能基因出發(fā)，宏基因組可以進一步分析群落中微生物關系，發(fā)現(xiàn)致病機制相關重要菌株。
                                            
優(yōu)點
²  宏基因組不依賴于微生物的分離培養(yǎng)，克服了傳統(tǒng)的純培養(yǎng)方法的技術限制，為研究和開發(fā)利用占微生物種類99%以上的未可培養(yǎng)的微生物提供了一種新的途徑和良好的策略；
²  可以得到環(huán)境中豐度較低的，甚至是痕量微生物的信息，為研究低豐度微生物提供了途徑；
²  宏基因組學引入了宏觀生態(tài)的研究理念，對環(huán)境中微生物菌群的多樣性、功能活性等宏觀特征進行研究，可以更準確地反應出微生物生存的真實狀態(tài)。
實驗流程

 
 
送樣要求

       ²  土壤：10 g；血液：10 mL；污泥/沉積物：5-10 g；
        ²  糞便：3-5 g，收集后-20℃保存；
        ²  水體：原始狀態(tài)40mL裝入50mL離心管或注射器，使用0.2μm濾膜過濾，-20℃保存；
        ²  DNA：總量 ≥ 1 μg、濃度 ≥ 10 ng/μL、1.8 < OD260/280 < 2.0。
生物信息分析流程



 
生物信息分析內容
原始數(shù)據(jù)過濾、拼接及結果統(tǒng)計基因預測、非冗余基因集構建、物種注釋、基因功能注釋
eggNOG 注釋、KEGG 注釋、CAZy 注釋、抗生素抗性基因注釋、分級注釋豐度差異分析、多樣品間 eggNOG 功能比較、多樣品間 KEGG 功能比較、豐度差異 KEGG 富集分析、豐度差異分級注釋聚類分析、物種豐度注釋、稀釋曲線、Alpha 多樣性分析、物種豐度差異分析、多樣品間物種組成聚類分析、多樣品間物種組成 PCoA 分析、多樣品間物種組成 PCA 分析、多樣品間物種組成 NMDS 分析、Venn圖、ANOSIM相似性分析、LEfSe分析、RDA/CCA分析、Wilcoxon顯著性差異分析、宏基因組物種（MGS）分析、腸型分析
生物信息分析結果展示