MIRNA芯片服務

一、Agilent Human miRNA芯片
安捷倫科技有限公司（Agilent Technologies Inc.）作為國際領先的生物芯片制造企業(yè)，利用其先進的芯片生產工藝，開發(fā)出具有獨特設計的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區(qū)分高度同源的miRNA 分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點�？梢詮V泛地應用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態(tài)，并通過分析其調控的靶基因來深入分析其調控機制或生物學功能。
Agilent表達譜芯片特點

     ²  通過特殊的探針設計區(qū)分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺；
 

• 無需分離miRNA，直接用Total RNA 進行實驗，只需100ng的Total RNA 即可用來進行標記實驗（不包括質檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
• 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗；
• 高特異性：特殊的專利探針設計能區(qū)別一個堿基的差異；
• 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，高可達6個log，只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出；
• 數(shù)據(jù)來源于miRBase 21.0版本，并方便及時更新；
• 人、大鼠、小鼠之外的動物物種，可以方便的通過earray進行個性化定制。

Agilent miRNA芯片類型及參數(shù) Agilent表達譜芯片數(shù)據(jù)分析  

基礎分析
數(shù)據(jù)質控	1．各樣本的箱線圖
	2．各樣本的聚類圖
	3．樣本相關性圖
	4.  PCA圖
差異篩選	1．標準化后的microRNA總表
	2．差異microRNA列表
	3．差異microRNA散點圖
	4．差異microRNA火山圖
	5．差異microRNA聚類熱圖
功能注釋	1．差異microRNA的靶基因注釋
	2.  靶基因的GO富集
	3．靶基因的KEGG富集
高級分析
1. 差異microRNA與lncRNA關系預測
2. 差異microRNA與circRNA關系預測
3. 差異microRNA與轉錄因子關系預測
4．差異microRNA與靶基因的網(wǎng)絡圖
5．差異microRNA與表達譜數(shù)據(jù)共表達計算
6. 差異microRNA相關的ceRNA網(wǎng)絡圖
7. 其它高級分析內容

Agilent表達譜芯片數(shù)據(jù)分析展示
 

1. miRNA靶基因預測

    microRNA結合在靶基因的3’UTR，下調靶基因。miRNA靶基因預測有多種方法。我們主要利用TargetScan數(shù)據(jù)庫關聯(lián)microRNA的靶基因。

1. iRNA與靶基因網(wǎng)絡圖
   
                    miRNA與靶基因網(wǎng)絡圖             
2. miRNA－GO　Network 

miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建microRNA功能調控的網(wǎng)絡圖。網(wǎng)絡圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調控的多種基因功能，并通過網(wǎng)絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心基因功能。 miRNA－GO　Network
7.miRNA－Pathway Network 
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關系，與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建miR- Pathway調控的網(wǎng)絡圖。網(wǎng)絡圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調控的多種信號通路，并通過網(wǎng)絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心信號通路。 miRNA－Pathway Network
 

• 為了研究miRNA的調控機制，首先預測miRNA的promoter區(qū)域，根據(jù)miRNA的promoter區(qū)域，利用HMM來預測結合的轉錄因子。
• 9.miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析

miRNA與表達譜芯片平臺的聯(lián)合分析除了和甲基化與表達譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預測的靶基因和表達譜芯片的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。 miRNA-DiffGene-Network
二、中科普瑞基因芯片服務平臺
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