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近年來大量研究表明非編碼RNA在人類疾病調(diào)控中扮演重要角色。同時，越來越多的新的轉(zhuǎn)錄組實驗結(jié)果表明，基因組非編碼序列有絕大部分是可以表達(dá)的。
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þ Sinomics 非編碼RNA芯片
近年來大量研究表明非編碼RNA在人類疾病調(diào)控中扮演重要角色。為開發(fā)疾病診斷標(biāo)志物和篩選新藥靶標(biāo)帶來新方向。同時，越來越多的新的轉(zhuǎn)錄組實驗結(jié)果表明，基因組非編碼序列有絕大部分是可以表達(dá)的。越來越多的事實證明轉(zhuǎn)錄出來的非編碼RNA具有重要的生物學(xué)功能。
相關(guān)系列芯片服務(wù)：
Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片
Sino Human lncRNA array V3.0
Sino human lncRNA array V3.0 是一款對轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行檢測的高通量芯片，檢測范圍包括lncRNA, mRNA。通過該芯片的檢測，可以在全基因組范圍內(nèi)檢測目前已知的差異RNAs分子，為后續(xù)的功能研究提供依據(jù)。
Sino Human lncRNA array V3.0芯片特點(diǎn)
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Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片
Sino Human lncRNA array V3.0
Sino human lncRNA array V3.0 是一款對轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行檢測的高通量芯片，檢測范圍包括lncRNA, mRNA。通過該芯片的檢測，可以在全基因組范圍內(nèi)檢測目前已知的差異RNAs分子，為后續(xù)的功能研究提供依據(jù)。
Sino Human lncRNA array V3.0芯片特點(diǎn)
- 設(shè)計平臺：基于Agilent eArray平臺設(shè)計，采用Agilent SurePrint噴墨打印技術(shù)合成，
- 穩(wěn)定性好；
- 探針特點(diǎn)：經(jīng)典 60 mer探針長度，檢出率高，重復(fù)性好；
- 數(shù)據(jù)來源：以國際主流lncRNA數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)，包括NCBI，Ensmble，NONCODE，lnciPedia，結(jié)合lncRNA疾病，lncRNA外泌體研究數(shù)據(jù)庫注釋，功能研究數(shù)據(jù)庫整合，來源范圍廣，參考意義大；
- 檢測范圍：同時檢測lncRNA和mRNA，并可實現(xiàn)兩者數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)。
Sino Human lncRNA array V3.0芯片參數(shù)
1.芯片檢測的RNA的數(shù)量分布
2.參考數(shù)據(jù)庫來源及數(shù)量規(guī)格 探針長度 ncRNA數(shù)目 mRNA數(shù)目 4×180K 60 nt 91,614 25,353
Sino Human lncRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析數(shù)據(jù)庫 NCBI Ensemble Noncode V5 Lncipedia5.0 檢測數(shù)量 19,592 6,833 62,670 2,519
Sino Human lncRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析展示基礎(chǔ)分析 1. 原始數(shù)據(jù)處理分析 1）數(shù)據(jù)歸一化 2）箱線圖 3）樣本聚類圖 4）樣本相關(guān)性分析 5）主成份分析 (PCA) 2. 差異基因篩選 1）表達(dá)差異基因篩選 2）散點(diǎn)圖 3）火山圖 4）差異基因?qū)蛹壘垲悷釄D 3. 差異mRNA功能分析（GO/KEGG） 4. lncRNA cis/trans靶基因預(yù)測 5. 靶基因功能分析（GO/KEGG）
- lncRNA吸附miRNA預(yù)測
- 近年的研究表明，lncRNA分子富含microRNA結(jié)合位點(diǎn)，在細(xì)胞中起到miRNA海綿吸附（miRNA sponge）的作用，進(jìn)而解除miRNA對其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達(dá)水平，這種機(jī)制稱為內(nèi)源競爭性RNA（ceRNA）機(jī)制。我們通過對lncRNA與miRNA可能結(jié)合的位點(diǎn)分析，預(yù)測lncRNA吸附的miRNA分子，以便于從ceRNA角度研究lncRNA的分子功能。
- lncRNA的cis/trans靶基因預(yù)測
- 預(yù)測采用數(shù)據(jù)庫是物種對應(yīng)的gene序列數(shù)據(jù)庫。先采用blast選擇出序列上具有互補(bǔ)性或相似性的序列，再利用RNAplex計算兩序列之間的互補(bǔ)能量，選擇e≤−30的序列。
- lncRNA疾病與外泌體研究注釋
- 外泌體形成是由細(xì)胞膜內(nèi)陷，形成內(nèi)體(endosome)，再形成多泡體(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡結(jié)構(gòu)。外泌體攜帶有母細(xì)胞的多種蛋白質(zhì)、脂類、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我們采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）數(shù)據(jù)庫，對已有研究的外泌體中發(fā)現(xiàn)的lncRNA進(jìn)行注釋，為后續(xù)研究，特別是外泌體研究提供參考。
lncRNA常用數(shù)據(jù)庫
- NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
- ENSEMNBL：http://asia.ensembl.org/index.html
- UCSC：http://genome.ucsc.edu/
- NONCODE：http://www.noncode.org/
- LNCipedia：https://lncipedia.org/
- LncRNADisease database: http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
- CPC: http://cpc.cbi.pku.edu.cn/
手機(jī)版：LNCRNA芯片服務(wù)
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