sgRNA設(shè)計(jì)CRO服務(wù)

gRNA的設(shè)計(jì)

gRNA設(shè)計(jì)的在線工具很多，常用的如張鋒實(shí)驗(yàn)的CRISPOR（http://crispor.tefor.net/），只需輸入目標(biāo)序列，種屬基因組與相應(yīng)的PAM，則可以得出多個(gè)gRNA，以及每個(gè)gRNA對(duì)應(yīng)的特異性、切割效率和潛在脫靶位點(diǎn)，一般選擇特異性、切割效率得分高的gRNA。

但是很多實(shí)驗(yàn)需要根據(jù)經(jīng)驗(yàn)設(shè)計(jì)sgRNA。如果需要手動(dòng)設(shè)計(jì)gRNA，則需要考慮其特異性與切割效率。在靶點(diǎn)設(shè)計(jì)時(shí)要綜合考慮所有候選靶點(diǎn)的序列、位置、正負(fù)鏈、GC含量、潛在的脫靶位點(diǎn)等信息。

sgRNA設(shè)計(jì)的一般流程

1. 分析靶基因信息

2. 選擇靶標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)sgRNA

3. 脫靶分析

艾迪優(yōu)勢(shì)：

1. 10年基因編輯研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，3年CRO服務(wù)

2. 自主知識(shí)產(chǎn)權(quán)sgRNA設(shè)計(jì)邏輯，數(shù)千例成功基因編輯sgRNA案例

3. 基因編輯治療的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)

附：sgRNA設(shè)計(jì)，你需要注意那些問(wèn)題？

靶基因信息的分析。在NCBI、Ensembl等查詢過(guò)程中要注意物種的選擇和確定靶基因在數(shù)據(jù)庫(kù)中的登錄號(hào)，避免查找錯(cuò)誤，再進(jìn)一步關(guān)注其所在基因座上下游基因情況、轉(zhuǎn)錄本數(shù)量、外顯子數(shù)量及長(zhǎng)度、翻譯起始位點(diǎn)與終止位點(diǎn)等信息。

靶區(qū)域的選擇原則

對(duì)于基因敲除可采用移碼突變和片段敲除，一般采用移碼突變，2種不同策略需遵循以下原則：不影響其他基因，尤其是編碼蛋白的基因；所敲除的外顯子編碼序列之和為非3的倍數(shù)；盡可能影響所有的轉(zhuǎn)錄本；不會(huì)殘留蛋白的功能結(jié)構(gòu)域。