WGBS甲基化測(cè)序-表觀遺傳學(xué)研究服務(wù)

WGBS

DNA甲基化是重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記信息，我們以新一代高通量測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ)，進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。

服務(wù)類別：	芯片與生物信息學(xué)	總訪問(wèn)：	3365
最后更新：	2015-8-19	半年訪問(wèn)：	59
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服務(wù)商：晶能生物技術(shù)（上海）有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

DNA甲基化是重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記信息，獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點(diǎn)的甲基化水平數(shù)據(jù)，對(duì)于表觀遺傳學(xué)的時(shí)空特異性研究具有重要意義。我們以新一代高通量測(cè)序平臺(tái)為基礎(chǔ)，進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析，必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義，并為細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機(jī)制研究，以及動(dòng)植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。

技術(shù)路線

生物信息學(xué)分析

樣品要求

1) 樣品總量：≥ 3ug;

2) 樣品濃度：≥ 50ng/ul。

3) 樣品純度：OD值260/280應(yīng)在1.8～2.0;

4) 樣品質(zhì)量：基因組完整、無(wú)降解、無(wú)污染。

5) 樣品包裝：用封口膜密封樣品，DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）。

應(yīng)用案例

Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals Feng S，Cokus SJ et al.(2010) PNAS

背景：

1. 胞嘧啶甲基化是一種存在多種真核生物DNA中的表觀遺傳標(biāo)記，盡管DNA甲基化多在基因沉默中有著保守的作用，但DNA甲基化的水平和模式在不同生物體中存在極大的差異。

2. 利用全基因組鳥(niǎo)槍法重亞硫酸測(cè)序（WGBS-Seq）,對(duì)雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚(yú)、綠衣藻、粳稻、擬南芥、楊樹(shù)8個(gè)物種比較，利用得到的數(shù)據(jù)分析結(jié)果可以幫助研究者選擇合適的模式生物進(jìn)行研究，還可以證明WGBS-Seq的多功能性。

研究方法：

1.從雄蜜蜂、海鞘、小鼠、斑馬魚(yú)、綠衣藻、水稻、擬南芥、楊樹(shù)8個(gè)物種的組織提取DNA。

2.WGBS-Seq測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建。

3.Illumina GA 測(cè)序，分別得到118.4Mb-2.72Gb序列數(shù)據(jù)。

4.生物信息學(xué)分析。

結(jié)果分析:

1. 開(kāi)花植物甲基化模式很類似，均檢測(cè)到甲基化的胞嘧啶。而動(dòng)物中基本都是CG甲基化。除CpG島外，脊椎動(dòng)物整個(gè)基因組都存在甲基化，且大多數(shù)生物基因組甲基化都很保守傾向于外顯子，海鞘和蜜蜂中基因是主要的甲基化靶點(diǎn)，綠衣藻有特別的甲基化模式，非CG甲基化主要集中在基因的外顯子而不是重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子中。

2. Dnmt1(Mouse, Zebrafish)/ MET1 (Arabidopsis)的輔助因子Uhrf1(Mouse, Zebrafish)/VIM(Arabidopsis)有著保守的功能，維持小鼠、擬南芥和斑馬魚(yú)基因組中轉(zhuǎn)座子和基因的CG甲基化。

參考文獻(xiàn)

[1] Xiang H, Zhu J, Chen Q, et al. Single base-resolution methylome of the silkworm reveals a sparse epigenomic map. Nat Biotechnol 2010;28:516-20.

[2] Lister R, Pelizzola M, Dowen RH, et al. Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomicdifferences.Nature, 2009, 462:315-322.

[3] Feng S, Cokus SJ, Zhang X, et al.Conservation and divergence of methylation patterning in plants and animals.ProcNatlAcad Sci., 2010, 107:8689–8694.

晶能生物技術(shù)（上海）有限公司（簡(jiǎn)稱“晶能生物”）成立于2010年2月。自成立以來(lái)，高速發(fā)展，成為中國(guó)生物技術(shù)服務(wù)行業(yè)領(lǐng)先地位的公司。

晶能生物專注健康醫(yī)療產(chǎn)品和生命科學(xué)領(lǐng)域科技服務(wù)，抓住了中國(guó)健康醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的巨大機(jī)遇和生命科學(xué)市場(chǎng)的快速成長(zhǎng)勢(shì)頭，形成了以產(chǎn)品研發(fā)和科技服務(wù)為核心，涉足生命科學(xué)，臨床疾病、人類健康等領(lǐng)域的產(chǎn)業(yè)化服務(wù)體系，在產(chǎn)品研發(fā)、人才建設(shè)、市場(chǎng)營(yíng)銷、銷售渠道、專業(yè)服務(wù)等方面形成極具競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)的中國(guó)知名的高新技術(shù)企業(yè)。

晶能生物注重產(chǎn)品開(kāi)發(fā)，成立創(chuàng)新健康醫(yī)療研究中心，資深的專家團(tuán)隊(duì)、國(guó)際先進(jìn)的儀器設(shè)備，完善的管理和研發(fā)體系，讓中心成為一個(gè)充滿激情、力量雄厚、極具發(fā)展?jié)摿Φ难邪l(fā)機(jī)構(gòu)。

晶能生物通過(guò)ISO9001:2008質(zhì)量體系認(rèn)證, 并率先成為illumine CsPro和BioNano官方認(rèn)證服務(wù)商。主要技術(shù)平臺(tái)有BioNano單分子光學(xué)圖譜平臺(tái)、Illumina-Hiseq3000高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq2500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Hiseq1500高通量測(cè)序平臺(tái)、Illumina-Miseq高通量測(cè)序平臺(tái)，Illumina-iScan基因芯片平臺(tái)、Illumina-ECO Real Time PCR平臺(tái)、Sequenome-質(zhì)譜分析平臺(tái)、曙光高性能服務(wù)器平臺(tái)以及各種配套設(shè)備，完成項(xiàng)目達(dá)到近2000個(gè)，完成專利達(dá)到近10項(xiàng)，合作客戶發(fā)表文章影響因子超過(guò)400。晶能生物已取得國(guó)內(nèi)二代測(cè)序，基因芯片等市場(chǎng)的競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，成為這個(gè)行業(yè)的領(lǐng)先者。

晶能生物奉行客戶第一、共享快樂(lè)、共同成長(zhǎng)、持續(xù)發(fā)展的原則，始終懷著感恩的心態(tài)，努力做一個(gè)讓社會(huì)、客戶、員工和股東滿意的企業(yè)，并成為提供健康醫(yī)療產(chǎn)品和科技服務(wù)的領(lǐng)導(dǎo)性公司。

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