轉(zhuǎn)錄組測序

有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組測序

    轉(zhuǎn)錄組測序的研究對象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和。轉(zhuǎn)錄組測序能夠從整體水平研究基因功能以及基因結(jié)構(gòu)，揭示特定生物學(xué)過程中的分子機(jī)理；目前已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷、藥物研發(fā)和分子育種等領(lǐng)域。

    有參轉(zhuǎn)錄組測序目標(biāo)：

        1. 獲得全面轉(zhuǎn)錄本信息；

        2. 檢測稀有轉(zhuǎn)錄本和發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本；

        3. 精確識別可變剪切位點，以及不同轉(zhuǎn)錄本之間的單堿基差異。

    一、技術(shù)流程

    二、生物信息分析內(nèi)容

        1. 測序質(zhì)量分析與統(tǒng)計、評估；

        2. 參考基因組比對；

        3. 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測；

        4. 基因表達(dá)定量分析、基因表達(dá)水平分析；

        5. 差異基因表達(dá)分析、差異表達(dá)基因GO富集分析和Pathway富集分析；

        6. SNP和Indel分析；

        7. 可變剪切分析；

        8. DEU分析。

    三、結(jié)果展示

        1.數(shù)據(jù)庫使用

        2.版圖展示

        如圖1.1所示，符合差異表達(dá)條件的基因在圖上以藍(lán)色圓點表示；

圖1.1 火山圖

    四、樣本要求

        總量：〉4 µg RNA；濃度：〉50 ng/µL；260/280：〉2.0