環(huán)境微生物群落多樣性分析，16S/18S/ITS擴(kuò)增子測(cè)序

16S rDNA是細(xì)菌染色體上編碼16S rRNA相對(duì)應(yīng)的DNA序列，存在于所有細(xì)菌染色體基因中。共包括9個(gè)可變區(qū)和10個(gè)保守區(qū)，保守序列區(qū)域反映了生物物種間的親緣關(guān)系，而高變序列區(qū)域則能體現(xiàn)物種間的差異。通過(guò)對(duì)16S rDNA中某個(gè)可變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，可以對(duì)特定環(huán)境下的細(xì)菌和古菌進(jìn)行微生物群落多樣性的鑒定。

18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA（18SrRNA）的DNA序列，序列中既有保守區(qū)又有可變區(qū)。由于18SrDNA在進(jìn)化速率上比較保守，可以檢測(cè)特定環(huán)境下的真菌群落多樣性。

內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS是位于真菌核糖體DNA（rDNA）上18S 和28S 基因之間的區(qū)域片段，主要包括內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)1（ITS1）、5.8S rDNA、內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2（ITS2），其兩側(cè)分別是18S RNA 基因和28S RNA 基因。ITS序列由于選擇壓力小，因此在進(jìn)化過(guò)程中能夠承受更多的變異，也可用于檢測(cè)特定環(huán)境下的真菌群落多樣性。

生物信息分析內(nèi)容

1、數(shù)據(jù)質(zhì)控

2、Paired-end reads拼接成Tags

3、去除嵌合體

4、OTUs聚類及物種注釋

5、物種組成和豐度統(tǒng)計(jì)

6、Alpha多樣性分析

7、Beta多樣性分析

8、主成分分析（PCA分析）/主坐標(biāo)分析（PCoA分析）

9、多元統(tǒng)計(jì)分析（T-test、Metastat分析、LEfSe分析、Anosim和MRPP分析）

技術(shù)參數(shù)

樣本類型及要求：

（1）基因組DNA，總量≥200 ng，濃度≥5 ng/μL

（2）PCR產(chǎn)物，總量≥400 ng，濃度≥20 ng/μL

文庫(kù)類型：擴(kuò)增子文庫(kù)

測(cè)序策略：HiSeq PE250，推薦數(shù)據(jù)量：3W條raw tags

項(xiàng)目周期：40個(gè)工作日

結(jié)果示例

OTU維恩圖

各分類層級(jí)豐度前十堆積條形圖

豐度前20屬物種分類樹

物種構(gòu)成krona圖

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