長(zhǎng)鏈非編碼RNA (lncRNA)測(cè)序服務(wù)

lncRNA 測(cè)序（long non-coding RNA）是指長(zhǎng)度超過200nt的長(zhǎng)鏈非編碼RNA，是非編碼RNAs(non-coding RNAs，ncRNAs)的重要組成部分。參與了基因組印記、轉(zhuǎn)錄激活、轉(zhuǎn)錄抑制等多種重要的調(diào)控過程，lncRNA已經(jīng)成為非編碼RNA研究領(lǐng)域的一個(gè)熱點(diǎn)。

生物信息分析內(nèi)容

1、數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)和質(zhì)量評(píng)估

2、與參考基因組比對(duì) 

3、基因表達(dá)水平分析

4、RNA-seq整體質(zhì)量評(píng)估

5、lncRNA 編碼潛能分析、保守性分析、exon個(gè)數(shù)統(tǒng)計(jì)

6、差異基因篩選及聚類分析

7、差異mRNA或lnc RNA的靶基因GO、KEGG Pathway富集分析

8、差異mRNA或lnc RNA的靶基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析

9、新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)

10、反義轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)(鏈特異性測(cè)序)

11、差異非編碼RNA靶基因預(yù)測(cè)

12、轉(zhuǎn)錄因子注釋（僅對(duì)人和小鼠）

13、SNP/Indel分析

14、可變剪切分析

15、lncRNA-mRNA 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

技術(shù)參數(shù)

樣本類型：total RNA

樣本要求：總量≥4 μg，濃度≥120 ng/μL

文庫類型：鏈特異性文庫

測(cè)序策略：HiSeq PE150，推薦數(shù)據(jù)量：≥10 G clean data

項(xiàng)目周期：45個(gè)工作日

結(jié)果示例

三種主要類型lncRNA數(shù)目統(tǒng)計(jì)

差異表達(dá)基因火山圖

共表達(dá)聚類樹

特定關(guān)注lncRNA與coding基因共表達(dá)模塊相關(guān)性矩陣熱圖

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