無以倫比的高效化合物全自動(dòng)存取解決方案之三：大規(guī)模的DNA庫(kù)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的研究結(jié)合

實(shí)驗(yàn)方法：
儲(chǔ)存系統(tǒng)的設(shè)計(jì)是這個(gè)過程的關(guān)鍵組成部分，要求有穩(wěn)健的后臺(tái)、樣品追蹤方法和綜合的質(zhì)量控制步驟。我們的儲(chǔ)存系統(tǒng)的主要用途是：驗(yàn)證樣本適用于數(shù)據(jù)庫(kù)，識(shí)別、提取、儲(chǔ)存和控制DNA的分布。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果：
儲(chǔ)存系統(tǒng)在每一個(gè)關(guān)鍵功能模塊中都進(jìn)行自動(dòng)化整合和批量處理，這大大減少了實(shí)驗(yàn)誤操作的風(fēng)險(xiǎn)和大大提高了實(shí)驗(yàn)通量。儲(chǔ)存系統(tǒng)的初步功能都已經(jīng)通過測(cè)試并在正常條件下運(yùn)行。

結(jié)論：
需要進(jìn)一步進(jìn)行樣本存活條件下的測(cè)試。

1. 獲取樣本

利用日常臨床護(hù)理時(shí)收集的血液樣本。
相關(guān)樣本處理流程：
1. 儲(chǔ)存在Central Receiving Lab的架子上（-4°C）
2. EDTA管子上的條碼關(guān)聯(lián)Central Receiving Lab的一個(gè)ID
3. 丟棄樣本（72+小時(shí)后）

樣本收集量非常大（~1000/工作日，500/周末和假期）
1. 每個(gè)工作日早上由DNA Resources Core收集
2. 用手推車運(yùn)送到DNA Resources Core
3. 質(zhì)量控制-檢測(cè)樣本管的以下現(xiàn)象：
     • 結(jié)塊
     • 破損的樣本
     • 交叉污染
     • 丟失標(biāo)簽或無法讀取條碼
     • 體積不足（現(xiàn)有protocol下<1ml)
      出現(xiàn)這些現(xiàn)象的管子將被丟棄（~10%）

2. 樣本可用性檢測(cè)和分類

1. 每一個(gè)管子上的Central Receiving Sample ID條碼都被掃描，無需人工讀取這些標(biāo)簽。
2. 樣本可用性檢測(cè)程序以條碼ID與Central Receiving Database相關(guān)聯(lián)，可在Medical Record Number中檢索。
3. 利用 Medical Record Number，樣本可用性檢測(cè)程序可確定樣本是否適合進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)。程序會(huì)確認(rèn)樣本的以下條件：
    a. 一份已簽署同意處理自身樣本的協(xié)議
    b. 并非從一個(gè)已退出項(xiàng)目的病人身上獲得的
    c. 從成年人身上獲得的
    d. 有醫(yī)療記錄
4. 樣本以SHA512方式加密，并與一個(gè)6位數(shù)字的位置代碼相關(guān)聯(lián)。
    *不可能從加密代碼中確獲得Medical Record Number，可確保病人隱私*
5. 程序可檢測(cè)樣本是否重復(fù)或者該隨機(jī)丟棄（Randomly Excluded）。
6. 預(yù)提取加工過程中，6位數(shù)字的位置代碼標(biāo)簽會(huì)自動(dòng)打印。

3. DNA的提取和儲(chǔ)存

1. 利用Autopure LS from [Gentra Systems] 可進(jìn)行DNA批量提取，記錄所有信息，可與LIMS結(jié)合。
2. 每個(gè)樣本可用fluorometric Hoescht assay進(jìn)行定量，數(shù)據(jù)會(huì)自動(dòng)地上傳到LIMS。
3. 人類大分子量的DNA可利用凝膠成像確認(rèn)。
4. 樣本儲(chǔ)存在一個(gè)自動(dòng)化的可檢索的系統(tǒng)中。
 5. 所有血液樣本在這個(gè)過程中被消耗。

4. 樣本檢索和分配

1. 提交符合一定標(biāo)準(zhǔn)的樣本的提取請(qǐng)求。
2. 請(qǐng)求到達(dá)自動(dòng)化儲(chǔ)存系統(tǒng)和檢索系統(tǒng)。
3. 樣本被檢索。
4. 機(jī)械的液體處理設(shè)備將stock plate中的部分DNA轉(zhuǎn)移到384孔板，96孔板或者管子中，用于終點(diǎn)分析和下游檢測(cè)。
5. 提交請(qǐng)求的用戶信息，DNA的消耗量，檢索日期都會(huì)被自動(dòng)記錄。
6. 儲(chǔ)存系統(tǒng)中剩余的DNA量和可被提取的DNA量等信息會(huì)被更新。
7. 大小合適的遺傳信息會(huì)與可識(shí)別的醫(yī)療記錄相關(guān)聯(lián)，用于研究基因組與表型的相關(guān)性。另外這些數(shù)據(jù)會(huì)發(fā)送給具有已被批準(zhǔn)的protocol和已簽署協(xié)議的研究者。

5. 數(shù)據(jù)的重新整合

• 研究者的研究結(jié)果，包括但不限于樣本的基因型數(shù)據(jù)，會(huì)依次重新整合到數(shù)據(jù)庫(kù)中。

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