SBC講座-scSTAR算法在單細胞隱藏數(shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用

如何應(yīng)對單細胞數(shù)據(jù)中的噪聲干擾一直以來都是單細胞數(shù)據(jù)分析關(guān)注的重點。針對dropout，batch effect，technique noise等噪聲，大量的新算法被開發(fā)出來。然而目前還沒有工作能針對一個明顯干擾源，即細胞間隨機異質(zhì)性。不同細胞間具有天然的異質(zhì)性，當(dāng)我們需要研究細胞間的生物學(xué)波動時，隨機異質(zhì)性就成為一個強大的干擾源。在傳統(tǒng)組學(xué)實驗中，樣本間隨機異質(zhì)性問題可以使用配對樣本解決。但是單細胞由于技術(shù)限制無法對同一個細胞進行多次測量。

針對此問題，復(fù)旦大學(xué)鄒欣/郝潔團隊創(chuàng)新的提出了scSTAR算法，通過統(tǒng)計學(xué)模型構(gòu)建真實-虛擬細胞對解決細胞樣本配對問題。團隊首次提出了單個細胞動態(tài)轉(zhuǎn)錄組的概念，并通過多個生物學(xué)和臨床場景系統(tǒng)性顯示了動態(tài)特征的價值。研究團隊已經(jīng)使用scSTAR對一種新的腫瘤疫苗療法ATHENA可能機制進行研究（Liu，et al. Frontiers in oncology, 2022）。

4月10日（周一），SBC芯云講壇：新算法，新突破--scSTAR算法在單細胞隱藏數(shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用，特邀復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院PI研究員，英國帝國理工大學(xué)榮譽研究員，上海市浦江人才郝潔博士，為大家介紹這項新算法所帶來的突破性研究進展。
 

會議信息
 

會議主題：新算法，新突破--scSTAR算法在單細胞隱藏數(shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用

會議時間：4月10日（周一），14:00-16:30

會議形式：網(wǎng)絡(luò)直播

會議議程
 

① 14:00-15:00  scSTAR算法在單細胞隱藏數(shù)據(jù)挖掘中的應(yīng)用
 

郝潔  博士、研究員
 

生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士，復(fù)旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院PI研究員，英國帝國理工大學(xué)榮譽研究員，上海市浦江人才。

研究方向：機器學(xué)習(xí)，代謝組學(xué)，蛋白組學(xué)，單細胞組學(xué)等多組學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)新算法研究。

2004年以英國伯明翰大學(xué)電子電機工程系建系以來最高分獲得電子電機工程本碩連讀工程碩士一等榮譽學(xué)位，畢業(yè)論文獲得當(dāng)年唯一最佳設(shè)計獎。2005年獲得由英國教育部長親自簽發(fā)的海外優(yōu)秀學(xué)生的全額博士獎學(xué)金，在英國伯明翰大學(xué)攻讀生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士。2010年加入英國帝國理工大學(xué)，代謝組學(xué)創(chuàng)史人Jeremy Nicholson教授的研究組，從事機器學(xué)習(xí)，生物信息學(xué)，化學(xué)計量學(xué)，多變量統(tǒng)計分析等在代謝組學(xué)等多組學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用，以及算法和軟件的研發(fā)。以第一作者和通訊作者在Nature Protocols, Bioinformatics, Analytical Chemistry，Briefings in Bioinformatics, Frontiers of medicine，NMR in Biomedicine等國際知名期刊上發(fā)表多篇高水平學(xué)術(shù)論文，google scholar他引近2800次。一篇文章歸入Clinical Medicine學(xué)術(shù)領(lǐng)域同一出版年最優(yōu)秀前1%，并被web of science標(biāo)示為熱點論文和高被引論文。已授權(quán)發(fā)明專利3項（第一發(fā)明人）。2016年入選上海市浦江人才計劃。

③ 15:20-16:20  新一代“單細胞”多組學(xué)技術(shù)進展
 

馮學(xué)超  資深技術(shù)支持
 

上海生物芯片有限公司（生物芯片上海國家工程研究中心）服務(wù)平臺部資深技術(shù)支持

畢業(yè)于上海交通大學(xué)，畢業(yè)至今一直從事高通量組學(xué)技術(shù)的運用與推廣工作。目前擔(dān)任芯片公司服務(wù)平臺部技術(shù)支持，主要負責(zé)基因組，轉(zhuǎn)錄組，蛋白組，單細胞及空間測序等產(chǎn)品的多組學(xué)運用和技術(shù)推廣工作。
 

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