羅氏 454 GS FLX 系統(tǒng)用于西紅柿基因組測序

瀏覽次數(shù)：2294　發(fā)布日期：2012-7-10　來源：本站　本站原創(chuàng)，轉(zhuǎn)載請注明出處

羅氏 454 GS FLX 系統(tǒng)用于西紅柿基因組測序

最近，西紅柿基因組學(xué)會完成了一個(gè)農(nóng)業(yè)種植西紅柿品系Solanum lycopersicum的基因組圖譜，以及一個(gè)野生型西紅柿品系S. pimpinellifolium的基因組圖譜，并將其與已知的土豆基因組以及其他植物比較，尋找與水果有些特性相關(guān)的基因，相關(guān)文獻(xiàn)在Nature雜志作為封面文章發(fā)表¹。

西紅柿不但是重要的經(jīng)濟(jì)作物，也作為研究有花植物非常重要的研究模型。通過更多的西紅柿不同品種的測序研究，能夠掌握更多性狀相關(guān)的信息，從而幫助農(nóng)業(yè)育種以及有花植物研究工作。

此次研究中使用了454 GS FLX 測序，獲得了Solanum lycopersicum基因組約900 Mb的數(shù)據(jù)，與Sanger測序結(jié)果結(jié)合，拼接出700 Mb的基因組圖譜，僅含有91個(gè)scaffolds。以此為基礎(chǔ)，對野生型的S. pimpinellifolium基因組則通過短讀長平臺進(jìn)行測序，獲得約740 Mb數(shù)據(jù)。兩個(gè)基因組共發(fā)現(xiàn)540萬個(gè)SNP，60%的基因由兩者共享或其僅為同義突變，而其他約40%的基因存在影響了兩者蛋白質(zhì)表達(dá)的差異。

通過與同屬茄屬的土豆，及薔薇類植物基因組如葡萄、擬南芥基因組的比較發(fā)現(xiàn)，西紅柿基因組在進(jìn)化過程中有兩次基因組的三倍復(fù)制事件(triplicate)。其中一次發(fā)生在有花植物中的茄屬植物及薔薇類植物分化前，該基因組復(fù)制的結(jié)果由兩者共享，而另外一次更近期的基因組復(fù)制事件發(fā)生在茄屬內(nèi)由西紅柿和土豆基因組共享。

同時(shí)研究人員還對西紅柿的不同組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄表達(dá)研究、SNP等研究，發(fā)現(xiàn)與西紅柿重要性狀相關(guān)的基因，例如果實(shí)的風(fēng)味，顏色，質(zhì)地，抗病蟲害能力等。

454的長度長測序平臺完成西紅柿基因組再次表明了其在復(fù)雜動(dòng)植物基因組測序中所擁有的優(yōu)勢。

1. The Tomato Genome Consortium. 2012. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. doi:10.1038/nature11119

【點(diǎn)擊可查看羅氏診斷產(chǎn)品（上海）有限公司相關(guān)產(chǎn)品】

分享到：QQ空間新浪微博騰訊微博微信

【所有新聞】【本類新聞】【相關(guān)產(chǎn)品】【關(guān)閉窗口】

相關(guān)鏈接

本類新聞

關(guān)于我們 | 法律聲明 | 廣告報(bào)價(jià) | English | 網(wǎng)站地圖

感谢您访问我们的网站，您可能还对以下资源感兴趣：

中文字幕日韩无码一区

黄软件app下载安装 AAAAAA内射大片毛片精品国产免费久久久久久精品国产一卡2卡3卡4卡新区

<kbd id="75osa"><ins id="75osa"></ins></kbd>