安捷倫發(fā)布最新GeneSpring GX 11擴展生物學分析軟件

安捷倫科技公司擴展生物學分析軟件，新增遺傳關(guān)聯(lián)和拷貝數(shù)變異分析功能

2009年12月22日，北京 —安捷倫科技公司（紐約證券交易所：A）發(fā)布了其廣受歡迎的可用于微陣列數(shù)據(jù)可視化分析的最新一代桌面軟件產(chǎn)品--GeneSpring GX 11，以及其企業(yè)版本-- GeneSpring Workgroup 11。

GeneSpring 11軟件專為支持多組學研究而設(shè)計，并增加了多項新的功能，包括利用基因分型數(shù)據(jù)進行基因關(guān)聯(lián)分析、基因組拷貝數(shù)分析以及其它有利于多樣化數(shù)據(jù)比較的分析和可視化工具。安捷倫的生物信息學產(chǎn)品線還包括了利用GeneSpring相同平臺開發(fā)的Mass Profiler Professional，以支持蛋白質(zhì)組學和代謝組學的數(shù)據(jù)分析。

安捷倫科技公司的基因組學高級市場營銷總監(jiān)Chris Grimley說：“在系統(tǒng)生物學研究中，生物信息學一直是采用多組學方法來定義疾病的產(chǎn)生機理的瓶頸之一。在過去，我們從數(shù)據(jù)中提取生物學知識的能力往往落后于生成數(shù)據(jù)的能力。GeneSpring 11的開發(fā)不僅考慮到這一瓶頸，而且還解決了整合型分析中的其它一些難題�！�

辛辛那提兒童醫(yī)院的計算醫(yī)學中心科學主，GeneSpring軟件的長期用戶Bruce Aronow博士說：“GeneSpring 11軟件代表了生命科學領(lǐng)域中數(shù)據(jù)分析軟件的一個重大進步。這是我們看到的第一個支持多組學技術(shù)的全能分析軟件，它必將會為系統(tǒng)生物學繪制一幅全新的藍圖�！�

在GeneSpring 11軟件中，研究人員可以一個窗口內(nèi)同時分析多種類型的實驗數(shù)據(jù)，如小RNA、基因表達、基因分型以及拷貝數(shù)等。這允許用戶可以根據(jù)需要在數(shù)據(jù)之間來回切換，而不必單獨加載每個實驗。該功能還可以幫助研究人員輕松地將數(shù)據(jù)合并到一個邏輯單元里，并比較不同類型的實驗結(jié)果。

GeneSpring 11軟件也可以讓研究人員找到不同實驗數(shù)據(jù)間的關(guān)鍵聯(lián)系和一致性。

雖然其它一些應用軟件也支持多組學數(shù)據(jù)分析，但GeneSpring 11軟件的關(guān)鍵優(yōu)勢在于其易用性和分析深度。用戶可以利用GeneSpring 11進行多樣化數(shù)據(jù)的比較和數(shù)據(jù)的生物學詮釋。進行數(shù)據(jù)比較的一個關(guān)鍵工具就是新的基因組瀏覽器。在該瀏覽器中，研究人員可以在同一個視圖中繪制多種不同類型的數(shù)據(jù)圖，并合并這些信息而實現(xiàn)對不同類型數(shù)據(jù)的追蹤。例如，研究人員能夠同時分析拷貝數(shù)和基因表達數(shù)據(jù)以評估其一致性，或者同時分析拷貝數(shù)數(shù)據(jù)和小RNA信息以檢查是否在那些擴增或缺失區(qū)域中是否存在關(guān)鍵的小RNA。

跨不同微陣列平臺和物種的全自動探針信息轉(zhuǎn)換功能可以幫助研究人員在維恩圖（Venn diagram）中通過簡單的拖放功能進行實驗結(jié)果的比較。這種無縫轉(zhuǎn)換還允許研究人員能夠快速識別那些在內(nèi)容中存在顯著統(tǒng)計學意義的重疊的基因列表。數(shù)據(jù)探索的簡易性讓研究人員能夠快速發(fā)現(xiàn)具有相似的生物學特征，從而可能具有相似潛在機制的藥物治療、疾病狀態(tài)或其它實驗因素。

通過擴展其網(wǎng)絡(luò)分析工具的功能，GeneSpring 11軟件進一步增強了其在數(shù)據(jù)生物學詮釋方面的優(yōu)勢。該軟件提供的一系列算法和物種特異性通路和相互作用數(shù)據(jù)庫使研究人員能夠生成一系列的網(wǎng)絡(luò)類型，并動態(tài)解析能描述他們所關(guān)注的基因之間相互作用的生化網(wǎng)絡(luò)。GeneSpring 11軟件還允許研究人員利用醫(yī)學專業(yè)（MeSH）主題詞作為輸入方式來生成網(wǎng)絡(luò)。例如，當研究人員使用“心力衰竭”作為輸入的醫(yī)學專業(yè)（MeSH）主題詞時，軟件就會自動生成和心力衰竭相關(guān)相互作用的網(wǎng)絡(luò)圖。然后，研究人員就可以判斷基因表達數(shù)據(jù)是如何和這個疾病網(wǎng)絡(luò)相互貫穿的。

GeneSpring Workgroup 11的發(fā)布還為其企業(yè)級產(chǎn)品增加了兩個基于互聯(lián)網(wǎng)的客戶端和存儲多組學數(shù)據(jù)的中央數(shù)據(jù)庫。通過數(shù)據(jù)瀏覽器提供的一個接口，用戶可以利用所配置的搜索欄對存儲于工作組數(shù)據(jù)庫中的實驗和樣本進行搜索。用戶可以下載搜索到的相關(guān)數(shù)據(jù)文件，并瀏覽GeneSpring軟件中已公開發(fā)布的靜態(tài)圖像。通過基于互聯(lián)網(wǎng)的接口，互聯(lián)網(wǎng)客戶端允許用戶利用GeneSpring軟件中所有的圖表對存儲于工作組中的實驗和結(jié)果進行可視化操作和動態(tài)探索。通過多種獲取存儲數(shù)據(jù)的方式，Workgroup軟件為科學家們提供了一條更為有效的相互合作的途徑，并分享他們的分析結(jié)果和知識。