新加坡基因組研究院聯(lián)合羅氏NimbleGen: 追蹤甲型H1N1流感病毒的進化途徑
近期流感病毒的爆發(fā)將甲型流感新毒株(nH1N1)迅速傳播到世界各地。許多專家都在關(guān)注這種新毒株的進化途徑,以及它是否會突變或與其它流感毒株重組產(chǎn)生更致命的毒株,如同全球曾經(jīng)歷的1918毒株。為了鑒定這些突變與重組,新加坡基因組研究院的一個研究小組已經(jīng)開發(fā)出新型的“通用”聚合酶鏈式反應(yīng)方法,可擴增任何甲型流感病毒的全基因組,然后用NimbleGen基于芯片的雜交測序,在大約24小時內(nèi)迅速通覽整個基因組(芯片讀取設(shè)備每天能讀取多達36張)。
這種新方法能利用傳統(tǒng)PCR診斷所遺留下來的相同RNA材料,在第一輪即可識別任何流感新毒株。這將有助于更快速診斷方法的開發(fā),來應(yīng)對任何可能的新變異體;它還能快速鑒定毒株的DNA是否突變,而變得更加危險,比如產(chǎn)生更強的抗藥性。
通過與羅氏NimbleGen的科學家緊密合作,并利用NimbleGen平臺所賦予的靈活性,在項目開始僅4天后,第一批芯片已經(jīng)設(shè)計、制造完畢并運抵新加坡。定制開發(fā)的高密度芯片具有能從病人樣本(鼻拭子/鼻咽洗液)中揭示流感病毒完整序列的探針。它將實現(xiàn)基因組區(qū)域內(nèi)任何單堿基突變的檢測,這對藥物易感性很重要。一旦病毒發(fā)生重組,它還能鑒定出是與哪種甲型流感毒株進行重組以及重組的基因組位點,從而更好地了解和追蹤病毒的進化途徑及變異體。
新加坡基因組研究院負責生物標志物開發(fā)的首席科學家Christopher Wong博士表示:“這種新方法利用了我們?yōu)闄z測多種病原菌而開發(fā)的新型PCR技術(shù)。這將大大簡化新病毒測序的過程!
羅氏NimbleGen的首席執(zhí)行官Gerd Maass認為:“隨著新系統(tǒng)的開發(fā),整個項目小組希望更好更快速地追蹤這個新流感變異體,讓世界了解病毒是如何進化的!毙录悠禄蚪M研究院的執(zhí)行董事Edison Liu教授補充道:“這個追蹤過程的重要性應(yīng)被更好地利用,因為它提供了重要的信息,有助于預(yù)防和抗爭流行病!
其實利用NimbleGen芯片成功檢測突發(fā)病毒可以追溯到2003年SARS爆發(fā)期間, NimbleGen芯片采用了相似的方法成功的檢測了感染源,并全球監(jiān)控SARS病毒。
關(guān)于羅氏
羅氏始創(chuàng)于1896年,總部位于瑞士巴塞爾,在制藥和診斷領(lǐng)域是世界領(lǐng)先的以研發(fā)為基礎(chǔ)的健康事業(yè)公司之一。作為世界上最大的生物科技公司,羅氏提供從早期發(fā)現(xiàn)、預(yù)防、診斷到治療的創(chuàng)新產(chǎn)品與服務(wù),在諸多領(lǐng)域都做出了突出的貢獻,從而提高了人類的健康水準和生活質(zhì)量。羅氏是體外診斷領(lǐng)域、抗腫瘤藥品和移植藥品的全球領(lǐng)先者,是病毒學領(lǐng)域的市場領(lǐng)導者。在其它關(guān)鍵疾病領(lǐng)域如自身免疫性疾病、炎癥、代謝和中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病等同樣表現(xiàn)活躍。2008年,藥品部的銷售額達360億瑞士法郎,診斷部的銷售額達97億瑞士法郎。2008年,羅氏在研發(fā)方面的投入超過了90億瑞士法郎,并與多個合作伙伴建立了研究與開發(fā)的業(yè)務(wù)聯(lián)盟,包括羅氏控股的基因泰克和中外制藥。羅氏集團共擁有約8萬名員工。如需了解更詳細的信息,請訪問www.roche.com。
關(guān)于羅氏NimbleGen
羅氏NimbleGen公司擁有DNA芯片、消耗品、儀器和服務(wù)等一系列專利,是領(lǐng)先的創(chuàng)新者、制造商和供應(yīng)商。羅氏NimbleGen公司生產(chǎn)長寡聚探針的高密度芯片,為研究基因組和表觀基因組變異的全部多態(tài)性,提供了更完善的信息內(nèi)容和更高的數(shù)據(jù)質(zhì)量。羅氏NimbleGen公司的專利技術(shù)Maskless Array Synthesis(MAS)用數(shù)字燈光加工和快速高效的光化學,以極大的靈活性來合成長寡核苷酸、高密度DNA芯片,使得性能的提高成為現(xiàn)實。欲了解更多關(guān)于羅氏NimbleGen公司的信息,請訪問該公司網(wǎng)站www.nimblegen.com 。
關(guān)于新加坡基因組研究院(www.gis.a-star.edu.sg)
新加坡基因組研究院(GIS)是新加坡科技研究局(A*STAR)的成員。它是有著全球視野的國家計劃,試圖利用基因組科學來改善公眾健康和國家繁榮。新加坡基因組研究院作為基因組探索中心,成立于2001年,它將朝著個性化藥物的目標,整合技術(shù)、遺傳學和生物學。新加坡基因組研究院的核心研究領(lǐng)域包括系統(tǒng)生物學、干細胞和發(fā)育生物學、癌癥生物學及藥理學、人類遺傳學、傳染病、基因組技術(shù)以及計算和數(shù)學生物學。其基因組學基礎(chǔ)設(shè)施用于培訓新的科技人才,為科研和工業(yè)研究搭建橋梁,并探索影響力大的科學問題。
關(guān)于新加坡科技研究局(A*STAR)(www.a-star.edu.sg)
A*STAR是新加坡的領(lǐng)導機構(gòu),為生機勃勃的新加坡培養(yǎng)了世界級的科學研究和人才。A*STAR積極培育了生物醫(yī)藥科學、物理學和工程學的公共部門研究與開發(fā),尤其關(guān)注對新加坡制造業(yè)和新興工業(yè)很重要的領(lǐng)域。它監(jiān)管著22個研究所、聯(lián)盟和中心,并支持與大學、醫(yī)院研究中心和其他本地及國際伙伴的對外研究。這種知識密集型工作的核心是人力資源。頂尖的本地和國際科技人才在A*STAR研究所中發(fā)揮著知識創(chuàng)造力。該局還為一流大學的本科生、研究生及博士后培訓提供獎學金,這也反映出A*STAR將培育新一代科技人才擺在最優(yōu)先的位置。
羅氏診斷產(chǎn)品(上海)有限公司
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